Hồ Victoria đã trải qua những thay đổi từ độ nông hiện tại từ một loạt các hồ nhỏ hơn.[3] Các mẫu lõi khoan được lấy từ đáy cho thấy hồ Victoria đã từng bị khô hoàn toàn vào ít nhất 3 thời kỳ kể từ khi nó hình thành.[5] Các giai đoạn khô có thể liên quan đến các thời kỳ băng hà cổ đã xảy ra nhiều lần khi lượng giáng thủy giảm trên toàn cầu.[5] Hồ Victoria khô lần gần đây nhất cách nay 17.300 năm, và nó dâng lên bắt đầu vào khoảng cách nay 14.700 năm. Về mặt địa chất, hồ Victoria tươnf đối trẻ – khoảng 400.000 năm tuổi – và nó đã hình thành khi các dòng sông chảy về phía tây bị ngăn đập bởi các khối nâng lên của vỏ.[5]

Lịch sử địa chất này có thể góp phần cho sự biệt hoá sâu sắc của các loài cichlidae, những loài đặc trưng cho hệ sinh thái hồ, cũng như của các hồ lớn khác của châu Phi,[6] mặc dù một số nhà nghiên cứu không đồng ý về quan điểm này. Những người này cho rằng trong khi mực nước hồ Victoria ở mức thấp nhất vào khoảng cách nay 18.000 đến 14.000 năm, và nó đã khô ít nhất một lần trong khoảng thời gian này, không có dấu hiệu nào cho rằng các ao còn lại hoặc đầm lầy còn tồn tại trong hồ bị khô. Nếu những ao hay đầm lầy còn tồn tại thì sau đó chúng có thể là nhỏ, nông, đục, và/hoặc mặn, và do đó có các loài còn tồn tại trong hồ sẽ có sự khác biệt đáng kể với những loài có mặt ngày nay được thích nghi.[7]